Zware, donkere bruingrijze siltige kleien, pyrietrijk en glauconietarm. Zowel naar de basis als de top gaan de kleien over in silten en langs de zuidelijke bekkenrand vrij abrupt in zanden (Vis et al 2016). De zanden zijn matig fijnkorrelig (150-210 µm) tot grofkorrelig (150-300 µm) en glauconiethoudend. Vuursteenkeien en fosforietknollen komen vaak aan de basis voor. De formatie bevat waarschijnlijk septarie carbonaat concentraties; deze zijn goed beschreven uit Belgische groeves (De Draen et al. 1999).
Midden- tot buiten neritisch marien milieu (waterdieptes tot ongeveer 500 m). De zanden zijn afgezet in een ondiep milieu met ingeschakelde lagune afzettingen.
Ligt discordant over de Formatie van Tongeren, de Formatie van Dongen of oudere afzettingen. In de gebieden waar de basale zandige ontwikkeling ontbreekt, rusten de kleien van de Rupel Formatie direct op de laagpakketten van Asse of Engelsche Hoek. Dit maakt het bepalen van de grens moeilijk. Op boorgat metingen heeft de Rupel Formatie vaak wat hogere gamma-ray waarden dan de kleien van de Onder-Noordzee Groep. Biostratigrafische data kan behulpzaam zijn om de grens te bepalen.
In Midden- en Oost-Nederland en gedeeltelijk offshore in het noordoosten, wordt de eenheid concordant of licht discordant bedekt door zanden en siltige kleien van de Formatie van Veldhoven. In Zuid-Nederland heeft de Formatie van Veldhoven een dunne kleilaag aan de basis. In delen waar de Rupel Formatie gedeeltelijk geërodeerd is (in het vroeg Kenozoïcum op het hoog tussen Nijmegen en Leiden), is de grens vaak scherp en wordt de eenheid bedekt door de formaties van Breda of Naaldwijk. De Formatie van Breda bevat vaak glauconietrijkere zanden en kleien. De bovengrens is onduidelijk en veelal arbitrair in de gebieden waar de macroscopische kenmerken van de bedekkende klei dezelfde zijn als die van het Laagpakket van Boom.
- Laagpakket van Ratum: ontsluitingen van deze eenheid in het gebied tussen Winterswijk en Ootmarsum (Van den Bosch et al. 1975);
- Andere laagpakketten: typegebieden liggen in België;
- Laagpakket van Bilzen: het gebied rondom Bilzen (België);
- Kleiige eenheden zijn ontsloten in groeves van steenbakkerijen langs de Rupel en de Schelde (Marechal & Laga 1988).